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SNPs檢測方法
更新時間:2011-03-08   點擊次數(shù):2750次

SNPs檢測方法

定義

單核苷酸多態(tài)性( single nucleotide olymorphisms ,SNPs),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA 序列多態(tài)性。

SNPs的研究意義

遺傳標記

具有已知性、可遺傳性、可檢測性,用于疾病基因的定位、克隆和鑒定。

基因多態(tài)與疾病相關(guān)性

研究SNPs 本身對機體的影響,尤其是疾病的易感性、個性化醫(yī)療。

SNPs檢測方法的分類

1、測序方法:常規(guī)測序, Pyrosequencing(焦磷酸測序),微測序(SNaPshot)

2、基于雜交的方法:Taqman 探針法,Microarray 芯片法,

3、引物延伸:MALDI-Tof,dHPLC(變性液相色譜技術(shù))

4、以構(gòu)象為基礎(chǔ)的方法:RFLP,SSCP,DGGE

5、溶解曲線:HRM(高分辨率溶解曲線分析技術(shù))

溶解曲線

1、溶解曲線----HRM技術(shù)

步驟:

序列比對---引物設(shè)計--- DNA 提取---熒光染料(EvaGreen 或LC green)PCR ---結(jié)果分析。

優(yōu)點:

高通量、簡單、快速、省錢、高靈敏度;

閉管檢測,避免污染造成的假陽性;

可檢測已知和未知SNP;<400bp擴增產(chǎn)物內(nèi)SNP,靈敏度和度100%。

與傳統(tǒng)的擴增后需借助額外的儀器進行凝膠電泳的非均一性的突變檢測(例如dHPLC)相比,HRM提供了更高特異性和靈敏度的檢測,同時允許了更高的樣本檢測通量,大大降低了成本。

缺點:

如LightCyclerTM 480 PCR 儀,或LightScanner 等少量儀器可以使用。專業(yè)技術(shù)要求高,需要專業(yè)人員操作。

HRM檢測成本構(gòu)成:

 DNA提取費用;

 PCR反應(yīng)費用;

 熒光染料Evagreen費用(較低)。

HRM檢測SNP特點:

檢測成本zui低;

*真正實現(xiàn)高通量的SNP檢測方法,人工成本zui低;

*閉管操作,步驟zui少,可靠性*

 

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